Killzone 3 - příběh začíná tam kde Killzone 2 skončilo. Šílený diktátor Hellgastů leží mrtev u nohou vojáků ze Speciální Jednotky Seva a Rica. Bitva byla sice vyhrána ale válka potrvá ještě velmi dlouho. Visariho smrt za sebou zanechala všechnu krutost, politické machinace a nelítostné vraždy bez soudu. Vše se ale najednou otočí když vybuchne nukleární bomba v Phyrussu hlavním městě Hellgastů, kterou tam Visari nechal jako dárek na rozloučenou a rozdrtí na prach útočné jednotky ISA. Bez možnosti získat posily a s ubývajícími zásobami se budete muset probojovat skrz válečnou mašinérii Hellgastů na vlastní pěst.