Děj hry Red Faction: Armageddon se odehrává, stejně jako v dílech předchozích, na povrchu Marsu. Je to již téměř padesát let po té, co hnutí odporu rudou planetu osvobodilo, kdy se Mars znovu stává bojištěm. Povrch planety je neobyvatelný, horníci byly nuceni se přesunout do podzemních důlních šachet. Darius Mason, vnuk hrdinů revoluce Aleca Masona a Samanyi, nevědomky přispěje k tomu, že se dávné zlo z hlubin Marsu opět probouzí k životu. Osud planety visí opět na vlásku, a hráč tak dostane možnost bojovat za záchranu lidsta, kolonizujících rudou planetu. Díky využití Geo-Mod 2.0 technologie, hra Red Faction: Armageddon nabízí, v žádne jiné hře nevyděnou fyziku a ničitelné prostředí. Vaše výstřely ze zbraní tak zanechají stopy tam, kde dopadnou až do konce hry. Díky těmto možnostem mají hráči možnost taktizovat a k nepříteli se tak probít skze stěnu domu. Plně tyto možnosti hráči jistě využijí v multiplayeru , kde nebudou chybět také co-operativní módy.