Příběh nového dílu Mortal Kombat s pořadovým číslem 9 se odehrává po událostech z Mortal Kombat: Armageddon, ale zároveň v prvních třech předešlých hrách. Jsou zde události, které jsou na popud autorů pozměněny a vytvořeny podle zcela nového scénáře, jedním z mnoha příkladů je postava Raidena, boha hromů. Raiden zná budoucnost a tak ví, co bude následovat dřív, než ostatní, uvědomuje si samou podstatu a dle toho se rozvíjí. Tvůrci hru přetvářejí do 2.5D vyobrazení a hlavně jsou zaměřeny na hardcore hráče, kteří již s touto značkou mají zkušenosti.